怀孕期间受到细菌或病毒的感染，对母亲及胎儿是另一大威胁。
特别是因性行为而感染的疾病，这类疾病通常有不良后果且伴随着严重的并发症。当子宫内感染疾病时，会造成流产、早产、胎儿成长迟滞或严重新生儿疾病。胎儿在分娩过程中，经过产道而感染衣原体，则会引起新生儿呼吸系统的毛病，因此实在轻视不得。
一般常见的性传染疾病包括梅毒、淋病及衣原体感染。
若孕妇患有梅毒没有治疗，会将病菌传染给胎儿，造成流产、死产或新生儿感染。
受淋病双球菌感染的妇女，通常没有什么症状，因此第一次产检前，应要求做子宫颈黏液培养。感染很久却无病症的妇女，可能会变成散播性感染，出现关节炎、全身疼痛、发烧、倦怠等症状。其他淋病常见的症状，则包括黄绿色及脓状分泌物、排尿困难及尿频。胎儿经由产道产出时，可能会受到淋病病菌感染。
衣原体感染的症状包括阴道分泌物异常、尿频、小便疼痛及下腹疼痛。而感染衣原体的孕妇在分娩时，胎儿会经产道而感染，有20%～50%感染结膜炎和20%感染肺炎的机会。
艾滋病是目前比较令人惧个白的“世纪黑死病”，主要传染途径是经由母体、血液及性行为。若母体感染艾滋病病毒，会经由垂直传染给胎儿，概率大约是40%～60%。另外有报告指出，新生儿会因吸吮母乳而感染。婴儿罹患艾滋病的症状有：体重不增、长不大、发烧、腹泻、淋巴肿大等。
其他常见的病毒感染，包括肝炎、麻疹和流行性感冒。已说明过肝炎的感染，现在对麻疹及流行感冒做简单说明。
怀孕期间感染麻疹会造成胎儿严重的畸形，尤其是在怀孕前3个月内，病毒会经由胎盘传染给胎儿，造成严重缺陷。因此，比较好能在怀孕前接受注射。但若不幸在怀孕期感染麻疹，大多数医师建议人工流产，以免产下畸形儿。而孕妇若发生出疹、淋巴结病变及轻微发烧的症状，应尽早就医。
除病毒和细菌感染外，由宠物如猫、狗等作为媒介的寄生虫感染也会对胎儿造成不良的影响，除了会造成流产外，还可能导致胎儿脑异常或水脑症。因此，如果家中有孕妇比较好不要养宠物。
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